1、肿瘤标志物非常之多，单个标记物的敏感性或特异性往往偏低，不能满足临床要求，同一种肿瘤或不同类型的肿瘤可有一种或几种肿瘤标志物异常；同一种肿瘤标志物也可在不同的肿瘤中出现。为提高肿瘤标志物的辅助诊断价值和确定何种标志物可作为治疗后的随访监测指标，可进行肿瘤标志物联合检测，以提高敏感性和特异性。
2、因患者个体差异、患者具体临床情况等因素，肿瘤标志物的分析要结合临床情况，从多个角度比较，才能得出客观真实的结论。肿瘤标志物不是肿瘤诊断的唯一依据，临床上需结合临床症状、影像学检查等其他手段综合考虑。必须要强调的是，在目前的科学条件下，肿瘤确诊一定要有组织或细胞病理学的诊断依据。
3、某些肿瘤标志物在某些生理情况下或某些良性疾病也可以异常升高，需注意鉴别。但对于已确诊的肿瘤治疗后，肿瘤标志物的升高往往预示着肿瘤的复发或治疗效果不理想，可提示医生调整治疗方案。因此，对肿瘤标志物检查结果要正确分析，动态检测的临床意义更大。
4、尽管临床上对高危人群体检中也能发现早期肿瘤患者，但肿瘤标志物的检查结果在诊断中只有辅助诊断价值，应结合临床及其他检查综合判断。整体而言，肿瘤标志物在肿瘤疗效评价及复发转移检查方面的意义更大一些。